En el año 2001, la comunidad de Pachacútec comenzó a crecer, trayendo consigo nuevas necesidades. Ese mismo año, la congregación "Las Hermanas de la Santa Cruz" llegó al Perú y, a través del Padre Antonio Bachs, representante de Fe y Alegría del Perú, conoció la comunidad de Pachacútec, en el asentamiento humano " Los Olivos de la Paz". Durante esta visita, las hermanas María Inés Hernández Figueroa, Mariela Sandoval, Valeska y Verónica observaron la problemática y las necesidades de los pobladores y, en conjunto, se comprometieron a crear la institución educativa "Fe y Alegría 59".

Así, a inicios del año 2002, se comenzó con la construcción de las primeras aulas, y en marzo se oficializaron las primeras matrículas para el año escolar. Esta tarea no fue fácil; las primeras docentes, Maura Gutiérrez, Felícita y Teresa, recorrieron los alrededores con la misión de dar a conocer a la comunidad el nacimiento de una nueva institución educativa. Pegaban afiches y animaban a las madres de familia para que formaran parte de este nuevo reto. Poco a poco, con esfuerzo y entusiasmo, se implementaron algunas aulas, aunque todavía precarias. Nuestra primera directora fue la hermana Mariela Sandoval, quien dirigió el colegio entre 2002 y 2005. En abril de 2002, se iniciaron las clases para el primer y segundo grado de primaria, en turnos de mañana y tarde, con un total de 152 estudiantes divididos en cuatro secciones.

En el año 2003, las circunstancias cambiaron. Los padres de familia anhelaban una vacante para sus hijos, y esta obra comenzaba a caminar. Se creó el nivel inicial con dos secciones, y el nivel primario ya contaba  hasta tercer grado. Nuevos docentes se incorporaron a nuestra institución. Ese año celebramos nuestro primer aniversario con mucha alegría, orgullo y colaboración de padres de familia, docentes, directivos y estudiantes. Recordamos la celebración litúrgica a cargo del obispo del Callao, una feria regional y el primer festival de danzas de nuestros alumnos. Al finalizar el año, un compartir navideño llenó de alegría a nuestros estudiantes.

En el año 2006, la hermana María Inés Hernández Figueroa asumió la dirección, y gracias a sus gestiones, nuestro colegio creció y amplió sus servicios a la comunidad. En 2007, se logró aperturar el nivel secundario y, ese mismo año, se construyó la capilla. En 2008, se inició el programa “Aprendamos Juntos” de la Fundación Antonio Custer, dirigido a estudiantes de primero y segundo grado de primaria.

En el año 2012, el Gobierno Regional del Callao inauguró nuestra losa deportiva. 

En  el año 2016, se implementó el modelo de Jornada Escolar Completa (JEC) en el nivel secundario, y se construyeron los ambientes del SUM, psicología, laboratorio de inglés y se habilitaron los servicios de secretaría y psicología. Los corazones y mentes de más de mil estudiantes se nutrieron con conocimiento y valores.

En el año 2017, la hermana María Inés Hernández Figueroa dejó la dirección del colegio, y asumió el cargo la hermana María Garrido Bustos.

En el año 2019, la profesora Zoila Briceño Chang asumió la dirección y la hermana María Garrido Bustos la promotoría del colegio. Ese año se logró la instalación de agua potable.

En el año 2020, un desafío global se presentó. La pandemia del COVID-19 detuvo las clases presenciales, pero no el espíritu de Fe y Alegría. Las clases virtuales comenzaron, y la comunidad demostró su resiliencia y solidaridad. El nivel secundario pasó a ser técnico y se redujeron las especialidades de los talleres, quedando solo carpintería, cocina, costura y cómputo. Ese año se construyó la Sala de Usos Múltiples (SUM pequeño). En septiembre de ese año, se otorgaron plazas para los cargos de subdirección de los niveles primario y secundario, asumiendo la profesora Rocío Chun Hoyos y el profesor Jorge Luna Velásquez, respectivamente. Fe y Alegría del Perú, solidarizándose con la situación que afrontaba la educación, entregó tablets al colegio para las clases virtuales de los estudiantes del nivel secundario, a manera de préstamo. El espíritu solidario continuó y se manifestó con la entrega de “canastas solidarias” por parte de Las Hermanas de La Santa Cruz, representado por la hermana María Garrido Bustos, hacia las familias que más lo necesitaban.

En el año 2021, continuamos en pandemia y nuevamente con las clases virtuales, implementando otras formas de comunicación y aprendizaje para los estudiantes, como Zoom, Classroom, entre otros. Con mucho pesar, el 22 de diciembre, la hermana María Garrido partió a Chile, después de tantos años de labor y servicio a la comunidad de Pachacútec, y más aún durante estos años de pandemia. La hermana María Garrido se fue despidiendo poco a poco de cada uno de los comités de aula del colegio, manifestando su sentir, la labor y el compromiso que aún quedan pendientes para el colegio.

En el año 2022, se retornó a las aulas de forma presencial, iniciando las clases por grupos y, a mediados del año, se logró el 100% de presencialidad.

En el año 2023, la profesora Lydia Castañeda Briones asumió la subdirección del nivel secundario. Las clases escolares comenzaron el 20 de marzo, una semana después de lo establecido debido al Ciclón Yaku, que asoló la costa de nuestro país. El 7 de diciembre de ese año, se firmó un convenio con el CETPRO ”Juana Iris Cuadros Rivera”, a cargo del director Beato Arias, y nuestra institución educativa, representada por la directora Zoila Briceño Chang, para que los estudiantes del nivel secundario realicen la transitabilidad en las especialidades de cocina, computación y confecciones. Este convenio potenció los talleres técnicos que brinda el colegio y favoreció el aprendizaje de los estudiantes para continuar con su formación técnica, gracias a que somos una institución educativa con variante técnica.

Durante el mes de diciembre tuvimos una hermosa visita desde Chile ¡Las hermanas de la Santa Cruz llegaron!, nuestra primera directora, la hermana Mariela Sandoval, la hermana Verónica Mora y la hermana Valeska, quienes fueron las fundadoras de nuestra institución. También estuvo presente la hermana María Garrido, quien fue la última hermana de la congregación y que nos acompañó en el colegio y a quien estimamos mucho. Esta visita fue motivada por la promoción de este año y fue un momento para saludarnos, abrazarnos y compartir una vez más junto a ellas.

Este año,  la congregación "Hermanas de San Jose de carondelet " fue invitada por el Padre Saturnino Vásquez de Fe y Alegría central para discernir sobre su  presencia en nuestra Institución educativa.

En el año 2024, La congregación “Las Hermanas de San José de Carondelet” nos acompaña con la presencia de  las hermanas Maritza Jarro y María Elena Cáceres, quienes laboran como docentes en el nivel secundario y también participan en la pastoral del colegio.

Gracias al mejoramiento de la infraestructura dado por el CAFED a nuestro colegio, recibimos su visita técnica, en la cual decidieron implementar nuestra institución con una cobertura de lona azul para el segundo patio, beneficiando así a los estudiantes para realizar sus actividades, además de protegerlos contra los rayos solares en verano y en invierno de las lloviznas que afectan la zona.

Fe y Alegría del Perú y la Asociación Peruano Japonesa se unieron para abrir nuevas oportunidades y espacios de aprendizaje. El 19 de junio, se inauguró en nuestra institución un aula digital, implementada con Chromebooks, un televisor y mobiliario. Este proyecto beneficia a los estudiantes de tercero a sexto de primaria, quienes, a través de las plataformas de Khan Academy en matemáticas y CommonLit en comprensión de textos, fortalecen y potencian sus aprendizajes para alcanzar un nivel óptimo. Nos convertimos en una escuela piloto, y nuestros resultados harán que esta gran iniciativa se replique en otros colegios Fe y Alegría. Cabe mencionar que los docentes son capacitados y acompañados en el uso de estas plataformas y de la tecnología.

En el año 2025, Fe y Alegría del Perú ha celebrado un convenio con la Congregación Hermanas de San José de Carondelet para asumir la Promotoría de la Institución Educativa. Este servicio recae en la Hermana Zaida Pérez Peralta, csj quien inicia su rol de acompañar al Equipo Directivo y personal para seguir garantizando la calidad del servicio educativo con el espíritu y valores de Fe y Alegría y de la espiritualidad y carisma de la Congregación.